يمكن أن تواجه التحكم الآلي بعض العيوب، ومن بين هذه العيوب:
1- الاعتماد على التكنولوجيا: يمكن أن يؤدي الاعتماد الكبير على التكنولوجيا في التحكم الآلي إلى حدوث عطل في النظام أو خلل في البرمجة.
2- الاعتماد على الكهرباء: يمكن أن تتعرض أنظمة التحكم الآلي إلى مشاكل في حالة حدوث انقطاع في التيار الكهربائي.
3- عدم الدقة التامة: يمكن أن يؤدي الخلل في البرمجة أو الأجهزة المتعلقة بالتحكم الآلي إلى حدوث أخطاء في العمليات.
4- الاختراق الإلكتروني: يمكن أن يتعرض النظام الآلي للاختراق الإلكتروني والتلاعب به من قبل القراصنة الإلكترونيين.
5- صيانة النظام: يتطلب نظام التحكم الآلي صيانة دورية لضمان عمله بشكل صحيح، وقد يكون من الصعب الحفاظ على هذه الصيانة بشكل دائم.