لا يمكن تحديد عيوب محددة للبرمجة في COBOL، فكل لغة برمجة لها مجموعة من المزايا والعيوب. ومن بين العيوب المحتملة للبرمجة في COBOL:
1- قد تكون اللغة تفتقر إلى بعض الميزات الحديثة مقارنة بلغات البرمجة الأخرى.
2- يمكن أن تكون تعلم COBOL صعبًا بعض الشيء في بداية الأمر، خاصة إذا كان المبرمج عائدًا من اللغات الحديثة.
3- قد تكون بعض الأنظمة الحالية تعتمد على تطبيقات COBOL القديمة ، مما يعني أنه يمكن أن يكون من الصعب الحصول على دعم للغات الجديدة.
4- قد تكون ميزات الأمان الحديثة والأدوات المتاحة لا تتوفر بطريقة وافية في COBOL.
5- لغة COBOL صالحة للعمليات المحاسبية وإدارة البيانات، ولكنها ليست بديلًا جيدًا للتطبيقات عالية الأداء المعقدة.