لا يمكن الحديث عن عيوب الإدارة الذاتية بشكل عام، حيث أنها تعتمد على الشخص وطريقة تطبيقها. ومع ذلك، يمكن أن تحدث بعض المشكلات الشائعة مثل:
1- عدم الالتزام: قد يفقد الشخص الرغبة في إدارة نفسه بشكل دائم.
2- الانطوائية: يمكن أن يؤدي التركيز الزائد على العمل الفردي إلى انطواء الشخص عن الآخرين وعدم الاستفادة من خبراتهم.
3- صعوبة التعامل مع الضغوط النفسية: قد يجد الشخص صعوبة في التعامل مع الضغوط النفسية والحفاظ على استقراره.
4- عدم التنوع: قد يصبح الشخص عرضة للتشبع بشيء واحد وعدم اكتشاف مجالات أخرى يستطيع فيها تطوير نفسه.
5- عدم الاستماع للآراء الأخرى: يمكن أن يواجه الشخص صعوبة في الاستماع و الاحترام لرأي الآخرين المختلف عنه.