رغم العديد من المزايا للإدارة الاستراتيجية، ولكن هناك أيضًا بعض العيوب على وجه التحديد، ومن العيوب التي يمكن الحديث عنها:
1- التكلفة: يعتبر إعداد وتطبيق الإدارة الاستراتيجية عملية مكلفة في كثير من الأحيان، وتحتاج إلى ثروة من الوقت والجهد والمال.
2- القيود في التنفيذ: قد يواجه المديرون صعوبة في تنفيذ الخطط الاستراتيجية الناشئة، حيث أن بعض الأعضاء من الموظفين في المنظمة قد يشعرون بالقلق أو الرفض لتغيير العمليات والإجراءات التي يتم تطبيقها عادة.
3- عدم الملاءمة: تصبح الإدارة الاستراتيجية غير فعالة في بعض الحالات، عندما لا تكون ملائمة لخصائص المنظمة وسوقها.
4- كثرة التغيير: تحتاج الإدارة الاستراتيجية لتقييم دوري واتخاذ إجراءات في حال تغيرت البيئة الداخلية أو الخارجية للمنظمة، وهذا قد يكون متعبًا ومكلفًا، ويؤدي إلى الاستبدال المتكرر للخطط والاستراتيجيات.