تواجه المنطقة العديد من العقبات التي تحول دون تحقيق التجارة الحرة في الشرق الأوسط، ومن أهم تلك العقبات:
1- التوترات السياسية والجيوسياسية: تشهد المنطقة توترات سياسية وجيوسياسية مثل النزاعات والحروب المسلحة والصراعات الإقليمية والنزاعات بين الدول، مما يحول دون تحقيق التجارة الحرة في المنطقة.
2- الحواجز التجارية: تفرض بعض الدول الحواجز التجارية على المنتجات المستوردة، وذلك من خلال فرض رسوم جمركية عالية وضوابط تعقيدية على الاستيراد وتصدير المنتجات، مما يعيق حركة التجارة الحرة في المنطقة.
3- الصعوبات اللوجستية: تواجه المنطقة صعوبات لوجستية عدة مثل ضعف شبكات النقل والنقص في البنية التحتية والخدمات المالية، مما يعيق المنطقة عن الانخراط في الاقتصاد العالمي.
4- الفجوة التكنولوجية: يواجه بعض الدول في المنطقة فجوة تكنولوجية واسعة، مما يحول دون استفادتها من الفوائد الاقتصادية للتجارة الحرة، حيث تفتقر إلى الاساليب الحديثة للانتاج والتصنيع، وتعتمد بشكل أساسي على الموارد الطبيعية.
5- الفقر والخدمات الأساسية: تعاني المنطقة من مشكلات اقتصادية واجتماعية من بينها الفقر والبطالة والنقص في الخدمات الأساسية والتعليم والصحة، ما يحول دون تحقيق التجارة الحرة في المنطقة ويزيد من التفاوت الاقتصادي بين الدول.