تتضمن طرق وحدات السيطرة في الكيمياء الحيوية العديد من العمليات المختلفة، ومن أهمها:
1- التحكم الوظيفي: وهو يتمثل في التغيير في نشاط البروتينات والإنزيمات الموجودة داخل الخلايا، والتي تعد من بين أهم احداث وحدات السيطرة في الكيمياء الحيوية.
2- التحكم الوراثي: وهو يتمثل في الفعالية التي يمكن أن تبديها الجينات في الدورة الحياتية الخلوية، ويتم التحكم في ذلك عن طريق سلسلة من العمليات الحيوية المعقدة.
3- التحكم الطليعي: وهو يعد من أهم طرق وحدات السيطرة في الكيمياء الحيوية، ويتمثل في التحكم في النسخ الضوئي من خلال تنظيم صفات الضوء القادمة من البيئة المحيطة بالخلية.