هناك العديد من طرق الفصل الدقيق للبروتين في الفيزياء الحيوية، وهي تشمل:
1- الكروماتوغرافيا: وهي تعتمد على قدرة البروتينات على التفاعل مع المواد الكيميائية المختلفة والتي تستخدم لفصلها عن بعضها البعض.
2- الكهرباء الحقلية: ويتم تطبيق شحنة كهربائية على البروتينات لفصلها عن بعضها البعض بناءً على قيمتها الكهربائية.
3- الفلترة: يتم استخدام الفلاتر المختلفة لفصل البروتينات عن غيرها من المواد الحيوية.
4- الترسيب: يتم تسريع الترسيب الطبيعي للبروتينات بالتعريض لقوى الجاذبية الكبيرة.
5- الترشيح: يستخدم القوة الضغطية لطرد سائل من خلال المرشحات التي تشبه الأغشية اللاصقة، ويمكن استخدامها لفصل البروتينات من الخلايا أو الدم.