تتضمن طرق التدقيق الداخلي في المحاسبة الحكومية ما يلي:
1- التدقيق المحاسبي: وهو التدقيق الذي يتم فيه فحص الحسابات والسجلات المحاسبية للتأكد من صحة ودقة البيانات المالية.
2- التدقيق الإداري: وهو التدقيق الذي يتم فيه فحص سير العمل والإجراءات الإدارية للتأكد من تطبيقها بطريقة سليمة وفعالة.
3- التدقيق القانوني: وهو التدقيق الذي يتم فيه فحص الامتثال للقوانين والتشريعات المحلية والدولية والتأكد من عدم وجود مخالفات.
4- التدقيق البيئي: وهو التدقيق الذي يتم فيه فحص تأثير الأنشطة الحكومية على البيئة والتأكد من اتباع الممارسات البيئية الملائمة.
5- التدقيق المالي: وهو التدقيق الذي يتم فيه فحص الجوانب المالية والمحاسبية للأنشطة الحكومية والتأكد من توافر الموارد المالية اللازمة واستخدامها بطريقة فعالة وفعّالة.