1- التعرض لجرعات عالية من الإشعاع، وهذا يمكن أن يزيد من خطر الإصابة بسرطان الجلد والسرطانات الأخرى.
2- يمكن أن تسبب الحساسية لبعض الأشخاص، مثل الاضطرابات التنفسية والحكة والطفح الجلدي.
3- قد تكون النتائج غير دقيقة في بعض الأحيان، وهذا يمكن أن يؤدي إلى تشخيص خاطئ أو إلى تأخير العلاج الصحيح.
4- قد تتطلب بعض الأشعة تحضيرًا خاصًا، مثل الصيام أو التخدير، مما يزيد من تعقيد الإجراء.
5- يمكن أن تكون التكاليف باهظة الثمن في بعض الأحيان، خاصةً إذا تطلب الأمر إجراءات متعددة أو تحاليل مخبرية.