تكمن خسائر المحاسبة الحكومية في عدة جوانب منها:
1- عدم الدقة في تحديد الموارد المالية المتاحة والتي يمكن استخدامها في تحسين الخدمات الحكومية للمواطنين.
2- الإضرار بالثقة العامة في الحكومة وإنعكاس ذلك على سمعتها وعلى عملية إدارة الشؤون العامة.
3- تضييع الأموال العامة وعدم توجيهها للغرض المخصص لها.
4- يؤثر ذلك على النمو الاقتصادي في البلد، حيث أن الاستثمارات والتوجيه السليم للأموال يساهم في النمو الاقتصادي، بينما تضييع الموارد وعدم توجيهها الصحيح يؤدي إلى تأثير سلبي على الاقتصاد في المدى البعيد.