تقنيات إدارة الإنتاج في الهندسة الصناعية الحيوية تشمل عدة مجالات منها:
1- تخطيط موارد المؤسسات (ERP): وهي مجموعة من البرامج المتكاملة التي تسمح بتخطيط وإدارة كافة عمليات الشركة بدءًا من تصميم المنتجات وصولاً إلى توزيع المنتجات النهائية.
2- إدارة الجودة الشاملة (TQM): وهي استراتيجية تهدف إلى تحسين جميع جوانب العمل داخل المؤسسة، بما في ذلك العمليات الإنتاجية والخدمات والعلاقات مع العملاء.
3- الإنتاجية وتحليل الأداء: وهو استخدام البيانات الإحصائية لتقييم أداء العمليات الإنتاجية وتحليلها وتحسينها.
4- إدارة سلسلة التوريد: وهي إدارة العمليات المرتبطة بالحصول على المواد الخام وإدارة التصنيع والشحن والتسليم النهائي للمنتجات.
5- تقنيات الإنتاج الحديثة: وتتضمن تقنيات مثل الأتمتة والروبوتات والتصنيع بالتحكم العددي (CNC) والتصميم والإنتاج بمساعدة الحاسوب (CAD/CAM) وطابعات الطباعة ثلاثية الأبعاد (3D printers).