1- الحفاظ على التراث الأثري: يمثل الحفاظ على التراث الأثري وحمايته من التدمير والسرقة والتجارة غير القانونية تحديا كبيرا. حيث يتعرض المواقع الأثرية للخطر بسبب النشاطات البشرية الحديثة والتطوير العمراني.
2- الحفاظ على الأشياء الأثرية: تتضمن هذه التحديات إيجاد طرق للحفاظ على الآثار بحيث تظل محفوظة ومحمية للأجيال القادمة.
3- الترجمة والتفسير: يشتمل على تحديات الترجمة والتفسير للآثار المكتشفة، حيث تتعدد اللغات والحضارات في العالم القديم، مما يتطلب إجراء بحوث دقيقة في الدراسات المقارنة.
4- الجغرافيا والتكنولوجيا: تميل العديد من المواقع الأثرية إلى التموج في بيئات جغرافية اجتازتها الزلازل والكوارث الإنسانية، ودراسة هذه المناطق تتطلب استخدام التكنولوجيا الحديثة.
5- التمويل: تتطلب عمليات الحفر والتوثيق والحفاظ على الآثار تمويلا مستمرا، ومن المهم توفر موارد مالية كافية للحفاظ على هذا العلم الأثري والتراث الاجتماعي والثقافي للبشرية.