تنفيذ التجارة الحرة في الدول يواجه عددًا من التحديات، من بينها:
1- الإجراءات الجمركية: تشمل تكاليف الجمارك، الرسوم الإضافية وقيود الاستيراد والتصدير وتوتر العلاقات الدبلوماسية بين الدول.
2- التشريعات الداخلية: قد تتعارض مع التجارة الحرة، مما يؤدي إلى تقييد حرية التجارة وعرقلة حركة التجارة بين الدول.
3- عدم التوافق بين معايير الجودة والصحة والسلامة: يمكن أن يعرقل البيئة التنافسية وعرقلة حركة التجارة الحرة.
4- التعرفة الجمركية والضريبة على الإيرادات: تعيق الحرية التجارية وتعرقل حركة التجارة بين الدول.
5- القدرة على تغيير عقلية الصناعة المحلية: بعض الصناعات المحلية تستجيب بسرعة لتحديات التجارة الحرة وتدعم التحول لوجود مزيد من الاستقرار ونجاح الأعمال.
6- شح البنية التحتية: قد تعرقل شبكات الطرق والجسور والمرافق الأخرى حركة التجارة الحرة بين الدول.