تواجه تمويل المحاسبة الحكومية العديد من التحديات، ومن أبرزها:
1- انخفاض الميزانيات الحكومية: يعاني العديد من الحكومات حول العالم من تراجع الميزانيات، مما يؤثر على تخصيص الأموال للمحاسبة الحكومية.
2- النمو الاقتصادي البطيء: يؤدي النمو الاقتصادي الضعيف إلى تراجع الإيرادات المالية للحكومات، مما يؤثر على تخصيص الأموال للمحاسبة الحكومية.
3- التشريعات المعقدة: يتطلب تنفيذ المحاسبة الحكومية الالتزام بالتشريعات المعقدة، وهذا يتطلب موارد مادية كبيرة لتنفيذها.
4- تحديات التقنية: تتطلب المحاسبة الحكومية مستوى عالٍ من التكنولوجيا للحصول على بيانات دقيقة ولتحليلها، ونقلتقنية التي قد يكون تحدي الحكومات النامية إدخالها.
5- نقص المهارات: يعاني العديد من العاملين في المحاسبة الحكومية من نقص في المهارات والخبرات اللازمة لتنفيذ مهام المحاسبة بكفاءة، وهذا يؤثر على الجودة ودقة التقارير المالية.