تطبيق الإدارة العلمية قد يواجه تحديات مختلفة في القطاعات الغير صناعية، وهذه بعضها:
1- عدم قابلية التكرار: يمكن للإدارة العلمية التطبيق بشكل فعال في الصناعة التي تقوم على عمليات متكررة وقابلة للتعميم، أما في القطاعات غير الصناعية مثل الخدمات والعمل الإداري فهي قابلة للتغيير بشكل مستمر، وبالتالي يصعب تطبيق نفس المبادئ.
2- الكفاءة الحرجة للموظفين: في العمليات الصناعية، يتم تدريب العمالة على أسس محددة ومتكررة ويمكن تحسين أدائهم، بينما في القطاعات الغير صناعية قد يتطلب الأمر مهارات خاصة وخبرة محددة للموظفين، وبالتالي تحتاج إلى الكفاءة الحرجة للموظفين لتطبيقها بشكل فعال.
3- المتغيرات الخارجية: يتعرض القطاع الغير صناعي للتأثيرات الخارجية أكثر من الصناعة، مثل التغييرات الاجتماعية أو السياسية، الأمر الذي يمكن أن يؤثر على نتائج تطبيق الإدارة العلمية.
4- العمل في فريق: تحتاج بعض القطاعات الغير صناعية إلى العمل في فرق، وبالتالي قد يصعب تطبيق الإدارة العلمية عندما تكون العملية تعتمد على العوامل الشخصية للفريق وتعاونهم.
5- صعوبة قياس الأداء: في الصناعة يمكن قياس أداء العمالة بسهولة، بالمقابل في القطاع الغير صناعي يصعب تحديد معايير واضحة لقياس الأداء المعتمدة على الإدارة العلمية.