تحديات تصميم الخرائط الجغرافية في مجال البيئة تشمل:
1- جمع البيانات البيئية الدقيقة: يلزم استخدام بيانات موثوقة من مصادر مختلفة لتصميم خريطة بيئية دقيقة.
2- تحديد المقاييس البيئية الصحيحة: يجب تحديد المقاييس البيئية المناسبة للخريطة بحيث توفر البيانات اللازمة لفهم العلاقات بين العوامل البيئية المختلفة.
3- عدم توافر البيانات الكافية: قد يصعب في بعض الأحيان الحصول على بيانات كافية لتصميم خريطة جيدة، وهذا يعني أن التكنولوجيا المستخدمة يجب أن تكون دقيقة بما يكفي لملء هذه الفجوات.
4- التعامل مع التغييرات في البيئة: يجب أن تصمم الخرائط الجغرافية بما يتناسب مع التغيرات المتوقعة في الظروف البيئية و الجيولوجية والعمرانية.
5- التأكد من توافق البيانات الجغرافية: يحب التأكد من توافق جميع الخرائط الجغرافية المستخدمة في إنشاء الخريطة النهائية، بحيث تظهر البيانات بشكل متناسق ومفهوم.