تربية الرخويات في المزارع تواجه العديد من التحديات، ومن بين هذه التحديات:
1- التقلبات الجوية والتغيرات في درجات الحرارة التي يمكن أن تؤثر على صحة الرخويات.
2-الأمراض والآفات التي قد تنتقل إلى الرخويات وتتسبب في خسائر كبيرة في المحصول.
3- العدوى بالفيروسات والبكتيريا والطفيليات والفطريات التي تؤثر على نمو الرخويات وجودتها.
4- تلوث المياه أو استخدام مياه غير نظيفة في الرية والتي يمكن أن تؤثر على صحة الرخويات.
5- نقص العمالة المدربة على المهارات اللازمة لتربية الرخويات والمساهمة في تقليل الخسائر.
6- الصعوبات في الحصول على العلف الخاص بالرخويات وتكاليفه العالية.
7-تأخر تصريف المياه بشكل لا يؤذي المحاصيل، وذلك لتجنب التلوث والمشاكل البيئية.