تعد الخصوصية أحد التحديات الرئيسية التي تواجه التجارة الإلكترونية، وتشمل بعض التحديات التي يمكن ذكرها على سبيل المثال لا الحصر:
1- حفظ البيانات الشخصية للعملاء: يجب على المتاجر الإلكترونية حفظ بيانات العملاء بشكل آمن والحفاظ على سريتها.
2- القضايا القانونية والتنظيمية: قوانين حماية الخصوصية والتشريعات المتعلقة بالتجارة الإلكترونية تختلف من دولة إلى أخرى، مما يؤدي إلى تحديات في توفير حماية البيانات على المستوى الدولي.
3- سرقة الهوية واحتيال البطاقات الائتمانية: يجب على المتاجر الإلكترونية اتخاذ إجراءات أفضل للحد من سرقة الهوية واحتيال البطاقات الائتمانية.
4- إدارة الموارد البشرية: يجب على المتاجر الإلكترونية توفير التدريب الملائم للموظفين حول سلامة وحماية البيانات ومتابعة تطورات تكنولوجيا الأمن وتشجيع الثقافة المناسبة بالشركة.
5- التعامل مع الجهات الحكومية: يجب على المتاجر الإلكترونية اتخاذ إجراءات للتعامل مع الجهات الحكومية، من خلال الالتزام بالضوابط المفروضة بما في ذلك حفظ سرية البيانات الشخصية.