تواجه التعليم الخاص في المواقع النائية العديد من التحديات، وتشمل من بينها:
1- قلة الأدوات والموارد التعليمية: حيث يواجه المعلمون صعوبة في توفير المصادر اللازمة للتعليم، مثل الكتب والفيديوهات والتطبيقات التعليمية.
2- ضعف البنية التحتية: حيث يواجه المعلمون صعوبة في تقديم التعليم الإلكتروني بسبب قلة الاتصال بالإنترنت وانقطاع الكهرباء وغيرها من المشاكل التقنية.
3- صعوبة الوصول إلى المواقع النائية: حيث يتعين على المعلمين السفر إلى المناطق النائية، الأمر الذي يتطلب موارد تكلفة عالية.
4- قلة المدرسين المؤهلين: حيث يصعب على المدارس في المناطق النائية العثور على معلمين ذوي خبرة ومؤهلين حتى يتمكنوا من تقديم تعليم عالي الجودة.
5- الفقر والحرمان: حيث يعاني الطلاب في المناطق النائية من ظروف صعبة تجعلهم يواجهون صعوبة في الوصول إلى التعليم، مما يؤثر على تحقيق أهدافهم التعليمية.