1- الخصوصية: قد تواجه تقنيات التحكم بالعقل تحديات في حماية خصوصية الأفراد وحقوقهم الأساسية، وهذا بسبب الخوف من استغلال هذه التقنيات لأغراض سياسية أو تجارية.
2- التكلفة: قد يكون تطوير تقنيات التحكم بالعقل مكلفًا، وذلك يمكن أن يعيق انتشارها في المجتمع.
3- السيطرة: يجب أن يتم التحكم في استخدام تقنيات التحكم بالعقل، حيث يمكن استخدامها لأغراض غير مشروعة أو غير أخلاقية.
4- الأخطاء والتقنية: قد تواجه تقنيات التحكم بالعقل مشكلات في العملية الفعلية، وهذا يعني أن الأخطاء والتقنية يمكن أن تعيق فعالية هذه التقنيات.
5- النظرة الثقافية: قد تواجه تقنيات التحكم بالعقل مشكلات في بعض الثقافات التي قد ترفض هذه التقنيات أو لا تتقبلها فيما يتعلق بالقضايا الدينية أو الثقافية أو الأخلاقية.