تواجه التجارة الحرة في القطاع الزراعي العديد من التحديات، ومن أهمها:
1- حماية السياسات الزراعية المحلية: يتطلب قرار التحول إلى التجارة الحرة إصلاح السياسات الزراعية المحلية، وهذا غالبًا ما يؤدي إلى معارضة المنتجين المحليين الذين يخشون تأثير الوافدين من خارج البلاد على أسعار المحاصيل المحلية.
2- الفجوة في التقنية والمستوى التنظيمي: يعاني الكثير من المزارعين في الدول النامية من نقص في التقنية والمردودية والمستوى التنظيمي، مما يتسبب في تراجع قدرتهم على المنافسة في السوق الدولية.
3- العمليات الجمركية والإجراءات التنظيمية: يواجه الصادرات والواردات عقبات بيروقراطية كثيرة في العديد من الدول، ومن بينها إجراءات تفتيش البضائع والرسوم الجمركية والإجراءات الإدارية، الأمر الذي يرفع تكاليف التداول في الأسواق الدولية.
4- المنافسة غير العادلة: بعض الدول توفر دعمًا ماليًا للقطاع الزراعي في بعض الدول الأخرى، مما يعطي للمنتجين في هذه الدول تفوقًا كبيرًا في التنافسية في الأسواق الدولية، كما أن بعض الدول تمارس سياستها لتنظيم الأسعار بالتدخل المباشر في العمليات المحلية وهذا يؤدي إلى تحديد الأسعار بشكل غير عادل.
5- التهديدات البيئية: عادة ما تسبب إنتاجية الزراعة في التدهور البيئي، مما يؤدي إلى تجاهل المنظمات العالمية للترويج للتجارة الحرة في هذا القطاع.