تعتبر التجارة الحرة من أهم القضايا الاقتصادية في العالم في القرن الحادي والعشرين. ومع ذلك، فإنها تواجه عددًا من التحديات، بما في ذلك:
1- اتفاقات التجارة الحرة: يعد التوصل إلى اتفاقيات التجارة الحرة من أكبر التحديات التي تواجه التجارة الحرة في القرن الحادي والعشرين، حيث يتعين على الدول المشاركة التوصل إلى اتفاق يلائم جميع الأطراف ويساهم في تحسين الأداء البيئي والعمالي.
2- تراجع العولمة: يشهد العالم حاليًا تراجعًا في العولمة وذلك بسبب الصعوبات التي تواجهها الدول في إدارة التزاماتها الدولية، ويؤثر هذا التراجع على التجارة الحرة بوجه خاص.
3- التحديات الأمنية: يتعين على الدول المتعاقدة في التجارة الحرة وضع إجراءات صارمة لحماية الأمن الوطني ومنع التهديدات الإرهابية والجريمة المنظمة.
4- حماية الملكية الفكرية: تواجه الشركات والمبتكرين تحديات عديدة فيما يتعلق بحماية حقوق الملكية الفكرية، وتحديدًا في الدول التي تعتبر متطلبات حماية الملكية الفكرية ضعيفة.
5- التحديات البيئية: تتعرض التجارة الحرة للعديد من التحديات البيئية، بما في ذلك التأثيرات السلبية على البيئة بسبب النقل البحري والجوي والتأثيرات السلبية على الغابات والمساحات الزراعية.
6- التحديات الاجتماعية: تشمل التحديات الاجتماعية تعزيز حقوق العمال والعمل اللائق وحماية الأطفال من العمل الإجباري، وتحسين ظروف العمل في الدول المنتجة.