تواجه الإدارة الدُّنيا في القطاع الزراعي العديد من التحديات، منها:
1- زيادة الطلب على المنتجات الزراعية: مع تزايد عدد السكان في العالم، يتزايد الطلب على المنتجات الزراعية، مما يعني زيادة الضغط على الإدارة الدُّنيا لزيادة الإنتاج.
2- التغيرات المناخية: تغير المناخ يؤثر بشكل كبير على الإنتاجية الزراعية، مما يعني أن الإدارة الدُّنيا تحتاج إلى تطوير استراتيجيات جديدة لمواجهة تلك التحديات.
3- نقص الموارد المائية: يعد الماء من الموارد الرئيسية المهمة في الزراعة، ولكن نقصها يؤثر على الإنتاجية ويتطلب البحث عن طرق جديدة لتوفير المياه للنباتات.
4- مشاكل الحشرات والأمراض: تعد الحشرات والأمراض عوامل مهمة لتدمير المحاصيل الزراعية، وهو أمر يتطلب الإدارة الدُّنيا البحث عن طرق لمكافحة تلك المشاكل.
5- العمالة: توفير العمالة المناسبة للعمل في الحقول يعد تحديًا كبيرًا، خاصة في ظل الزيادة المستمرة في سعر الأجرة وصعوبة إيجاد العمالة المناسبة.
6- مشاكل التسويق: غالبًا ما يتعرض المزارعون لمشاكل في التسويق لمنتجاتهم بسبب الأسعار المنخفضة والتنافس الشديد، مما يشكل تحدًا آخر للإدارة الدُّنيا في القطاع الزراعي.