تحديات استخدام منهج البحث الكمي في علم النفس تشمل:
1- صعوبة تحديد المتغيرات النفسية المراد قياسها بطريقة كمية وصياغتها بطريقة يمكن قياسها بالأدوات الكمية.
2- عدم قدرة منهج البحث الكمي على تفسير السياقات الإجتماعية والثقافية التي يتم البحث فيها.
3- صعوبة الحصول على عينة ممثلة للمجتمع الذي يهم الباحث، وبالتالي صعوبة تعميم النتائج على المجتمع بشكل عام.
4- عدم قدرة المنهج الكمي على التعامل مع المتغيرات المعقدة والمتنوعة، والتي يمكن أن تكون ذات تأثير كبير على النتائج.
5- صعوبة تفسير النتائج الكمية، وعدم قدرة المنهج الكمي على تفسير بعض الظواهر النفسية مثل الإدراك والتصور والذاكرة بشكل كافي.