تحديات استخدام الإدارة الكمية في المدارس يمكن أن تشمل:
1- قد يواجه المدرسون صعوبة في فهم وتطبيق الأساليب الكمية وإدارة البيانات بطريقة صحيحة.
2- قد يستغرق الوقت والجهد للتوصل إلى أفضل الحلول الكمية لإدارة المدرسة.
3- يتطلب استخدام الإدارة الكمية العمل بالتعاون مع جميع أعضاء المدرسة، بما في ذلك الطلاب وأولياء الأمور، مما قد يحتاج إلى توعية إضافية وترشيح زملاء العمل المهرة.
4- تتطلب استخدام الإدارة الكمية استثمارات في الأجهزة والبرمجيات والتدريب، الذي قد يكون مكلفًا للمدارس.
5- تحديات الأمن الإلكتروني، لأن الإدارة الكمية تتضمن تخزين البيانات الشخصية لطلاب وموظفي المدرسة، مما ينتج عنها خطر تعرض تلك البيانات للاختراق.