1- صعوبة تطبيقه: قد يتطلب تطبيق نظام محاسبة موحد تغييرات جذرية في العديد من العمليات والإجراءات الحالية في المؤسسة، مما يتطلب جهودًا كبيرة لتطبيقه بشكل صحيح.
2- عدم التوافق مع الأنظمة القانونية: قد يتعذر تطبيق نظام محاسبة موحد في بعض الدول والمناطق بسبب عدم توافقه مع قوانين الضرائب والمحاسبة المحلية.
3- تكاليف التطبيق: قد يكون تطبيق نظام محاسبة موحد مكلفًا ويتطلب استثمارات كبيرة في البرامج والأجهزة والتدريب، وبالتالي يمكن أن يؤثر على الأرباح.
4- البرامج الخاصة: قد يكون من الصعب العثور على البرامج الخاصة التي تتوافق بشكل كامل مع نظام المحاسبة الموحد، وبالتالي قد تحتاج المؤسسات إلى تخصيص تطوير خاص لإنتاج برامج متوافقة مع نظامها.
5- عدم الاهتمام بالتفاصيل: يمكن أن يؤدي استخدام نظام محاسبة موحد إلى إهمال التفاصيل والمعلومات الدقيقة التي قد تكون مهمة لبعض الأعمال، وقد يؤدي ذلك إلى إساءة تقدير الأرباح.