1- قد يكون المنهج الفلسفي معقدًا وصعب الفهم للأشخاص غير الخبراء في الفلسفة.
2- قد يجد بعض الأشخاص الفلسفة غير عملية بالنسبة للحياة اليومية، وهذا يعتبر عيبًا لاستخدام المنهج الفلسفي.
3- قد يؤدي تطبيق المنهج الفلسفي إلى الوصل إلى نتائج باطلة، أو اجتهادات خاطئة، أو توصل إلى اختلاق نظريات لا علاقة لها بالحقيقة.
4- قد ينطوي المنهج الفلسفي على بعض الأخطاء في العتقادات، حيث أن بعض الفلاسفة قد يكونون متحيزين وقد يضعون مفاهيم خاطئة في نظرياتهم.