بعض التحديات التي يواجهها العلماء الأنثروبولوجيين هي:
1- التغييرات الاجتماعية السريعة: يواجه الأنثروبولوجيون التحدي الكبير في محاولة فهم التغييرات السريعة في العادات والتقاليد وثقافات المجتمعات، وذلك بسبب انتشار العولمة والتكنولوجيا والاتصالات الحديثة.
2- الحرفية في العمل: يجب على الأنثروبولوجيين اتباع إجراءات غاية في الحرفية لجمع البيانات والمعلومات، وتحليلها وتفسيرها، وهو ما يحتاج إلى الوقت والجهد والموارد المالية الكافية.
3- التحدي من خلال المنظورات الثقافية: يواجه الأنثروبولوجيون التحدي في محاولة التعامل مع مجتمعات وثقافات مختلفة عنهم، والتعرف على وجهات نظرهم ومعتقداتهم وقيمهم ونمط الحياة، وهذا يتطلب فهماً عميقاً للثقافة والتاريخ واللغة والتقاليد والعادات المختلفة.
4- الحفاظ على السرية: يجب على الأنثروبولوجيين أن يحافظوا على سرية المعلومات التي يحصلون عليها أثناء أبحاثهم، خاصة تلك التي تتعلق بالمجتمعات الأصلية والنادرة والتي تحتوي على ثروات طبيعية قيمة، وذلك حفاظاً على مصالح هذه المجتمعات وحماية حقوقهم.
5- قيد الزمن: يواجه الأنثروبولوجيون التحدي في محاولة البقاء على اتصال مع تطورات العالم وتغيراته، والتعامل مع التحديات الجديدة التي يشهدها المجتمع في كل يوم، وهذا يتطلب مواكبة التقدم التقني والثقافي والاجتماعي.