1- التكلفة: يمكن أن يكون تحويل إلى نظام محاسبة موحد مكلفًا جدًا وقد يستغرق وقتًا طويلاً ، على المؤسسات تحمل هذه التكلفة.
2- الفردية: إذا كانت جميع الجهات الحكومية تستخدم نفس النظام المحاسبي وتستخدمه بنفس الطريقة ، فقد يشعر الموظفون بفقدان الهوية ، حيث لا يتم التركيز على جوانب الفردية.
3- مشاكل التحول: قد تواجه المؤسسات مشاكل في تحويل بيانات المحاسبة التي تعتمد على النظم السابقة إلى النظام الجديد.
4- فرص التدريب: سيتعين على المؤسسات تدريب موظفيها على استخدام النظام الجديد وذلك قد يتطلب مزيدًا من الوقت والتكلفة.
5. النظام اللاإلزامي: بما أن استخدام نظام المحاسبة الموحد خيارًا للمؤسسات في بعض الدول فقط، فلن يكون النظام إلزاميًا على الجميع، وسيترك بعض المؤسسات المالية مع النظام التقليدي.