تحديات المحاسبة الحكومية تشمل العديد من العوامل التي تتطلب التركيز على الجوانب الوظيفية والتقنية والتنظيمية ، ومن بين هذه التحديات:
1- النزاهة والشفافية : ضرورة الالتزام بتعزيز النزاهة والشفافية لضمان الاستخدام الفعال للموارد والاحتفاظ بسمعة خالية من الفساد.
2- قلة الموارد: تحدي القيود المالية ونقص الموارد غالبًا ما يؤثر على جودة التقارير المالية.
3- الالتزام بالمعايير المحاسبية: نظرًا لأنه يجب على الحكومات الالتزام بالمعايير المحاسبية الدولية ، فمن المرجح أن يواجه المحاسبون صعوبة في فهم وتطبيق هذه المعايير.
4- التحكم في النفقات: يجب على المحاسبين التركيز على الرقابة على النفقات بحيث تكون تكاليف الإدارة أقل وبالتالي تحقيق الفوائد الاجتماعية للمواطنين أو المستفيدين من الخدمات الحكومية.
5- وسائل التحصيل: يجب على الحكومات إدارة وسائل التحصيل بطريقة أكثر فعالية وكفاءة بحيث تتمكن من جمع الموارد المالية المطلوبة لتلبية الاحتياجات الحكومية المختلفة.