لا يمكن القول بأن منهج ابن تيمية يتعارض بشكل كامل مع منهج الحنابلة، فهو ينتمي لمذهب الحنبلية ويتبع منهجهم العام. ومع ذلك، يمكن التحدث عن بعض النقاط التي تختلف فيها آراء ابن تيمية عن آراء بعض علماء المذهب الحنبلي الآخرين، ومن هذه النقاط:
1- الرد على المخالفين بالجهاد: يعتبر ابن تيمية أن الجهاد في سبيل الله هو واجب عندما يحارب المسلمون من يخالفونهم في العقيدة والشريعة، بينما يرى بعض علماء المذهب الحنبلي الآخرين أن الجهاد في سبيل الله يشترط له الإمام أو الخليفة ولا يجوز للأفراد القيام به.
2- الاجتهاد في الفقه: يرى ابن تيمية أن الفقهاء يجب أن يجتهدوا في استنباط الأحكام الشرعية من النصوص القرآنية والسنة النبوية، بينما يرى بعض علماء المذهب الحنبلي الآخرين أن الفقهاء يجب أن يلتزموا بآراء الإمام أحمد بن حنبل وتلاميذه.
3- الرد على المتكلمين: يرى ابن تيمية أن المتكلمين والفلاسفة يجب أن يرد عليهم وينفوا أفكارهم التي تتعارض مع العقيدة الإسلامية، بينما يرى بعض علماء المذهب الحنبلي الآخرين أنه يجب تجنب الخوض في الفلسفة والكلام والاقتصار على الاعتقاد بما جاء في الشريعة.
وبشكل عام، يمكن القول بأن منهج ابن تيمية يتسم بالتشدد في بعض النقاط والتحريض على الجهاد والرد على المخالفين بشكل قوي، بينما يتميز منهج الحنابلة بالحذر والاحتياط والالتزام بالأدلة الشرعية الثابتة.