هناك عدة نظم إدارية متبعة في التعليم الثانوي، من أبرزها:
1- النظام الأفقي: وهو النظام الذي يقوم على التقسيم الأفقي للطلاب وذلك بحسب المادة المدرسة، حيث يقوم كل مدرس بتدريس مادة واحدة فقط ويتم توزيع الطلاب بحسب المادة المدرسة.
2- النظام العمودي: وهو النظام الذي يقوم على التقسيم العمودي للطلاب وذلك بحسب المرحلة الدراسية التي يتبعها الطالب، حيث يتم توزيع المدرسين بشكل عمودي على المراحل الدراسية.
3- النظام الحفزي: وهو النظام الذي يقوم على تحديد المستويات الدراسية الخاصة بالطلاب وتقديم المكافآت والحوافز لتحفيزهم وتحفيزهم لتحقيق الأداء الأفضل.
4- النظام السلسلي: وهو النظام الذي يبنى على ترتيب المواد الدراسية بشكل سلسلي حيث يعتبر كل مرحلة دراسية منطقاً للمرحلة التالية.