توجد العديد من النظريات الفلسفية حول التعليم الديني في المدارس والجامعات، ومن بينها:
1- النظرية التربوية التقليدية: وتعتمد على تلقين الطلاب المعتقدات والتقاليد الدينية والثقافية للمجتمع الذي يعيشون فيه.
2- النظرية العلمانية: وتقوم على عدم الاهتمام بالتعليم الديني في المدارس والجامعات، وترك الأمر للمنازل والمراكز الدينية.
3- النظرية الانتقائية: وتهدف إلى تدريس العناصر المشتركة بين الثقافة الدينية والثقافة العلمية، والتأكيد على الفروقات والتعارضات بينهما.
4- النظرية الإسلامية: وتركز على تعزيز العقيدة الإسلامية وتعليم الطلاب التزامات دينهم وإيضاح الشرائع الإسلامية وأحكامها.
5- النظرية الحداثية: وتسعى إلى توفير تعليم ديني يلبي متطلبات العصر الحديث، وتعزيز الدين كموروث ثقافي وهوية وطنية ومنظومة حياتية.
وتتباين النظريات الفلسفية حول التعليم الديني في المدارس والجامعات، ويمكن اختيار النظرية المناسبة بحسب المجتمع والظروف المحيطة به، وبحسب رؤية الحكومات والجهات التعليمية حول التعليم الديني في بلدهم.