هناك العديد من النظريات التي تدعم الفيزياء الحيوية، من بينها:
1- نظرية الأنظمة المفتوحة: تتعلق بدراسة الأنظمة الحية وعلاقتها ببيئتها الخارجية.
2- نظرية المعلومات: تتعلق بالطريقة التي يتم بها تشفير وتخزين واسترجاع المعلومات في الأنظمة الحية.
3- نظرية الديناميكا اللانهائية: تشمل دراسة الأنظمة الحية التي تتميز بالحركة والتغير المستمر، مثل الدورة الدموية والتنفس.
4- نظرية العدائية: تتعلق بالتفاعلات المتبادلة بين العوامل الحية وغير الحية في النظام الحي.
5- نظرية النظم المعقدة: تدرس النظم الحية التي تعتمد على العديد من العناصر والتفاعلات المعقدة، مثل الجهاز العصبي المركزي والتمثيل الغذائي.