تستخدم العديد من النظائر المشعة في علم البيئة، ومنها:
1- الراديونوكليدات الطبيعية، مثل الراديوم والثوريوم والبوتاسيوم واليورانيوم، التي توجد بشكل طبيعي في الأرض وتستخدم في دراسة الطبيعة والبيئة.
2- النظائر المشعة الصناعية، مثل الكوبالت والسيزيوم واليود والتريتيوم، التي تستخدم في علم البيئة لدراسة تأثيرات الملوثات الصناعية والنووية على البيئة والإنسان.
3- نظائر الكربون، مثل الكربون-14، والتي تستخدم في علم البيئة لتحديد عمر المواد العضوية ودراسة الطبيعة والتغيرات المناخية.
4- نظائر النيتروجين، مثل النيتروجين-15، والتي تستخدم في علم البيئة لدراسة دور النيتروجين في دورة النتروجين في البيئة وتأثيرات التلوث الزراعي.
5- نظائر الأكسجين، مثل الأكسجين-18، والتي تستخدم في علم البيئة لدراسة دور الأكسجين في دورة الماء في البيئة وتأثيرات التلوث البيئي على الموارد المائية.