يستخدم علم الجماجم مجموعة متنوعة من المواد، بما في ذلك:
1- العظام البشرية: حيث يتم دراسة الجماجم البشرية لفهم تاريخها وتقييم الخصائص العالمية.
2- العظام الحيوانية: يمكن استخدام عظام الحيوانات لفهم النسل والأسلاف المشتركة للكائنات الحية.
3- الأحجار والمعادن: تستخدم الأحجار والمعادن لإنشاء القوالب والموديلات التي تستخدم في الدراسات الجمجمية.
4- تقنية الطباعة ثلاثية الأبعاد: تستخدم تقنية الطباعة ثلاثية الأبعاد لإنشاء نماذج دقيقة من الجماجم البشرية والحيوانية.
5- سوائل محفزة للتحلل الكيميائي: تستخدم مختلف السوائل المحفزة للتحلل الكيميائي لإزالة اللحم والأنسجة الأخرى عن العظام البشرية والحيوانية.