تدخل العديد من المواد العضوية في هندسة البروتينات، ومن الأمثلة عليها:
1. الأحماض الأمينية: وهي مركبات عضوية تتكون من الكربون والهيدروجين والأكسجين والنيتروجين، وتشكل سلاسل ببتيدية تؤدي إلى تكوين هياكل البروتين.
2. الكربوهيدرات: تدخل الكربوهيدرات في هندسة بعض البروتينات، حيث يمكن أن تغطي بعض الجزيئات البروتينية أو أن تلتصق بها.
3. الليبيدات: تتشكل البروتينات المدمجة في الغشاء الخلوي من مزيج من الليبيدات والبروتينات.
4. النوكليوتيدات: تتكون النيوكليوتيدات من السكريات والفوسفات والنيتروجين، وتدخل في بناء الحمض النووي الريبوزي والديوكسي ريبوزي، التي تلعب دوراً هاما في تشفير البروتينات.
5. المركبات الأخرى: تدخل العديد من المركبات الأخرى في هندسة البروتينات، مثل الفيتامينات والمعادن والإنزيمات، والتي يتم استخدامها كمكونات في تشكيل بنية البروتينات.