تشمل الممارسات الجيدة في إدارة مخلفات الأسماك والمحاري ما يلي:
1- إجراء تقييم لمصادر المخلفات وحجمها وتصنيفها قبل البدء في الإدارة والتخلص منها.
2- استخدام وسائل الإنتاج المستدامة والمتوافقة مع البيئة.
3- استخدام الأسمدة العضوية المستخرجة من مخلفات الأسماك والمحاري كبديل للأسمدة الكيماوية.
4- استخدام تقنيات إزالة المواد العضوية والغير قابلة للتحلل البيولوجي من مخلفات الأسماك والمحاري قبل إطلاقها إلى المحيطات أو المياه الجوفية.
5- التعاون مع الحرفيين والمجتمعات المحلية لتطوير مجموعات إدارة مخلفات الأسماك والمحاري المحلية.
6- تطبيق القواعد واللوائح المحلية والدولية والتي تهدف إلى تحسين الإدارة المستدامة لمخلفات الأسماك والمحاري.