تعتبر إدارة المستشفيات من المهام الحرجة التي تواجه العديد من التحديات والمشكلات، ومن بين هذه المشكلات:
1- زيادة تكاليف الرعاية الصحية
2- نقص في الموارد المالية والبشرية
3- التعامل مع العديد من الأطراف المعنية بالمستشفى، بما في ذلك المرضى والأطباء والممرضين والموظفين والموردين والشركاء
4- الاضطرابات النفسية لدى المرضى وعائلاتهم
5- حماية البيانات الصحية
6- التحديات التقنية والمعلوماتية، بما في ذلك نظم المعلومات الطبية والتكنولوجيا الطبية
7- الالتزام بالتشريعات واللوائح الصحية
8- صعوبة تحقيق الجودة والأهداف المالية المحددة
9- توفير جودة الخدمة المتسقة والتواصل الفعال مع العملاء.
10- مواجهة الطلب الزائد على الخدمات الصحية في الفترات المأساوية.