يمكن أن تواجه الإدارة الوسطى العديد من المشكلات، من بينها:
1- صعوبة التواصل والتنسيق بين الإدارة الوسطى والإدارات الفرعية أو الإدارات الأخرى.
2- عدم وجود اتصال مباشر بين الإدارة الوسطى والموظفين في الإدارات الفرعية، مما يؤدي إلى ضعف التوجيه والإشراف.
3- عدم وجود القدرة على الإدارة التخطيطية، حيث يمكن أن تكون الإدارة الوسطى تحت تأثير ضغوط سياسية بدلاً من الحاجة الحقيقية.
4- عدم القدرة على التنبؤ بالمشاكل والتحديات القادمة، مما يؤدي إلى عدم الاستعداد لها وعدم القدرة على مواجهتها.
5- الصعوبات المالية والموارد المحدودة، مما يؤدي إلى تقليل الخدمات والإمكانيات المقدمة للإدارات الفرعية.
6- عدم التوفير بالمستلزمات والتقنيات اللازمة، مما يؤدي لانخفاض الإنتاجية والتأخير في التطوير.
7- عدم تحفيز الموظفين في الإدارات الفرعية وعدم توفير التدريب والتطوير، مما يتسبب في زيادة نسبة الاستبدال والتكاليف.