الأحياء البحرية العميقة تواجه العديد من المشكلات، بما في ذلك:
1- ارتفاع ضغط الماء: يعيش الكائنات الحية في العمق البحري تحت ضغط ماء عالٍ جداً، وهذا الضغط العالي يمثل تحدياً كبيراً لبقاء الكائنات حية ويؤثر على هياكلها ووظائفها الحيوية.
2- نقص الضوء: نظراً لعمق المياه، يواجه الكائنات البحرية العميقة نقصًا في مصدر الضوء الطبيعي، مما يؤثر على العديد من العمليات الحيوية مثل التغذية والتكاثر.
3- نقص الغذاء: نظراً لعدم توفر الضوء الشمسي في العمق البحري، يكون هناك نقص في النباتات البحرية والطحالب التي تعتبر مصدرًا هامًا للطعام في البيئة البحرية. بالإضافة إلى ذلك، فإن الكائنات البحرية العميقة تعيش في بيئة قليلة التغذية وتعتمد على الكائنات الأخرى التي تسقط من الطبقات العليا لتلك البيئة.
4- ارتفاع درجة الحرارة وانخفاض تركيز الأكسجين: في العمق البحري، تكون درجة الحرارة منخفضة جداً وتركيز الأكسجين أقل مما هو عليه في الطبقات العليا من المحيطات. هذه الظروف البيئية تؤثر على الكائنات البحرية العميقة وتحد من نشاطها الحيوي.
5- التلوث: مع التطور الصناعي والنمو السكاني، يتزايد تأثير النشاط البشري على البيئة البحرية العميقة. التلوث النفطي والتلوث الكيميائي والنفايات البلاستيكية تعتبر مشكلات كبيرة وتؤثر سلبًا على الأحياء البحرية العميقة.