تعاني التلسكوبات الفضائية من عدة مشاكل تشمل:
1- التبخر البطيء للوقود: حيث تستخدم التلسكوبات الفضائية الوقود لضبط اتجاهها وحركتها، ولكن هذا الوقود ينفد ببطء مما يؤثر في الحركة والسرعة للتلسكوب.
2- عدم القدرة على الصيانة: حيث يتم وضع التلسكوبات الفضائية في مدارات محددة وتحتاج إلى مهمة صيانة من وقت لآخر ولكن الصيانة تكون صعبة ومكلفة جدًا.
3- الأضرار الخارجية: حيث يتعرض التلسكوب للأشعة فوق البنفسجية والكونية وحتى الميكرومتيورات التي قد تسبب ضررًا في الأنظمة البصرية والحساسة.
4- العوامل المناخية: حيث أن تأثيرات العواصف الشمسية والتقلبات الجوية يمكن أن تؤثر سلبًا على عملية التصوير والقياسات في التلسكوبات الفضائية.
5- الاصطدامات: حيث يتعرض التلسكوب لخطر الاصطدام بحطام الفضاء أو أي جسم صغير يدور في المدارات الفضائية، مما يشكل خطرًا على حياة وعمل التلسكوب.