تواجه السياحة الصحراوية عدة مشكلات بيئية، ومنها:
1- التأثيرات البيئية لمركبات الدفع الرباعي الذي يستخدم في تنقل السياح في الصحراء، ويترتب عليها تلوث الهواء والتأثير على التربة والنباتات.
2- استخدام الموارد المحدودة للصحراء مثل الماء، حيث يستهلك السياح كميات كبيرة من الماء في النشاطات الترفيهية والإقامة.
3- إتلاف الأحياء البرية المتواجدة في الصحراء، عندما يتم جمع الأحجار والزهور كهدايا تذكارية.
4- تأثيرات البناء على البيئة الصحراوية، عندما يتم إنشاء المنشآت السياحية دون مراعاة التأثيرات البيئية لهذه الأعمال.
5- تأثير النفايات والقمامة الناتجة عن السياحة على البيئة الصحراوية.