تواجه التجارة الحرة في أفريقيا العديد من المشكلات الاقتصادية، منها:
1. قلة الاستثمار في البنية التحتية: تعاني العديد من الدول الأفريقية من نقص في البنية التحتية، مما يجعل من الصعب تحقيق التجارة الحرة وتحريك البضائع بسهولة.
2. الفقر وقلة الدخل: تشكل الفقر وقلة الدخل عائقًا كبيرًا أمام التجارة الحرة، إذ تجعل الناس غير قادرين على شراء السلع والخدمات المتاحة.
3. النزاعات المسلحة: تؤدي النزاعات المسلحة إلى تعطيل التجارة الحرة وتدمير البنية التحتية، مما يؤثر على الاقتصادات المحلية والإقليمية.
4. التبادل التجاري غير المتكافئ: يعاني العديد من البلدان الأفريقية من عدم التوازن في التجارة الدولية، حيث تستورد بعض الدول مزيدًا من السلع مما تصدره، مما يؤدي إلى نقص في العملة الصعبة.
5. قلة الاندماج الاقتصادي: تعاني العديد من الدول الأفريقية من قلة الاندماج الاقتصادي والتجاري، مما يجعل من الصعب تحقيق الفوائد الاقتصادية المترتبة على التجارة الحرة.