هناك العديد من المشكلات الأخلاقية التي يمكن مواجهتها في البحث العلمي في علم النفس، ومنها:
1- مشكلة الخصوصية وحماية بيانات المشاركين في الدراسات العلمية، وضمان عدم استخدام هذه البيانات بطرق غير مشروعة.
2- مشكلة الإنصاف وتحقيق العدالة في عينة الدراسة، وضمان تمثيل جميع الفئات الاجتماعية والثقافية والجنسية في الدراسة.
3- مشكلة التلاعب بالبيانات والنتائج، وضمان صدق وموثوقية البيانات والتحليلات الإحصائية.
4- مشكلة تلفيق البيانات والتحريف في التقارير العلمية، وضمان صدق العمل العلمي والالتزام بمعايير النزاهة والأخلاق العلمية.
5- مشكلة استخدام التجارب السلوكية والنفسية على البشر والحيوانات، وضمان حماية حقوق الحيوانات والبشر في البحث العلمي.
6- مشكلة تطبيق نتائج البحوث النفسية على المجتمع وتأثيرها على الصحة النفسية والاجتماعية للأفراد، وضمان عدم استخدام هذه النتائج بطرق غير مشروعة أو غير أخلاقية.