تتضمن المخاطر المرتبطة بالمحاسبة الإدارية ما يلي:
1- عدم جودة البيانات المستخدمة في التحليل واتخاذ القرارات، مما يؤدي إلى اتخاذ قرارات خاطئة.
2- عدم وجود نظام محاسبي يتماشى مع المتطلبات القانونية والضريبية.
3- عدم القدرة على تحديد تكلفة المنتجات والخدمات بطريقة دقيقة.
4- عدم وضوح المسؤوليات والصلاحيات بين أعضاء الفريق المشترك.
5- عدم وجود تدريب كافٍ للموظفين على استخدام الأدوات والتقنيات اللازمة لممارسة المحاسبة الإدارية بشكل فعال.
6- عدم حماية البيانات المالية من الاختراقات الإلكترونية وسرقتها.
7- عدم استخدام نظام محاسبي موثوق به وتحديثه بشكل دوري لمواكبة التغييرات في البيئة العملية.