هناك عدة مخاطر مرتبطة بأنظمة التحريج المعدلة وراثيا، ومن أهمها:
1- التأثير على التنوع البيولوجي: قد يؤدي استخدام أنظمة التحريج المعدلة وراثيا إلى انحسار التنوع البيولوجي، إذا تم الاعتماد على عدد قليل من السلالات المعدلة وراثيا على حساب السلالات الأخرى التي تعتمد على الموارد الطبيعية.
2- التأثير على الصحة العامة: قد يتسبب استخدام أنظمة التحريج المعدلة وراثيا في زيادة مخاطر الإصابة بالأمراض والحساسية وغيرها، خاصة إذا استخدمت بطريقة غير صحيحة.
3- التأثير على البيئة: قد يتسبب استخدام أنظمة التحريج المعدلة وراثيا في التأثير على البيئة بشكل سلبي، مثل تلوث المياه والتربة وتدمير الحيوانات والنباتات الأخرى.
4- التأثير على الاقتصاد: قد يؤدي استخدام أنظمة التحريج المعدلة وراثيا إلى تأثير سلبي على الاقتصاد، مثل خسارة المزارعين المحليين وتعزيز الانتشار الدولي للمزارعين الكبار والشركات.
5- التأثير على السياسات الغذائية: قد يواجه المجتمع ردود أفعال مختلفة تجاه الأنظمة المعدلة وراثيا، من ناحية فتح المجال الحر للاستخدام والتطوير، ومن ناحية أخرى احتمالية الرفض الشديد لهذه الأنظمة.