هناك عدة مخاطر محتملة للكونفدرالية السياسية، ومنها:
1. تفكك الوحدة الوطنية: قد تؤدي الكونفدرالية إلى تفكك الوحدة الوطنية وتقسيم الدولة إلى وحدات صغيرة، مما قد يؤثر سلباً على الاستقرار السياسي والاقتصادي للبلد.
2. زيادة التوترات العرقية والقومية: قد تؤدي الكونفدرالية إلى زيادة التوترات العرقية والقومية بين الدول الفرعية، مما يمكن أن يؤدي إلى صراعات واضطرابات داخلية.
3. ضعف الحكومة المركزية: قد تؤدي الكونفدرالية إلى ضعف الحكومة المركزية وتقليل قوتها وسلطتها، مما يمكن أن يعرض البلد للعديد من المشكلات والتحديات السياسية والاقتصادية.
4. عدم التكافؤ بين الدول الفرعية: قد يؤدي الانتقال إلى الكونفدرالية إلى عدم التكافؤ بين الدول الفرعية، حيث قد تكون بعض الدول أقوى وأغنى من الأخرى، مما يمكن أن يؤدي إلى توترات واحتكاكات بينها.
5. تأثير على العلاقات الدولية: قد يؤدي تغيير النظام السياسي إلى تأثير على العلاقات الدولية، حيث قد يؤدي إلى تغيير في الاتفاقيات والعقود الدولية والتحالفات السياسية والاقتصادية.
مهم استشارة خبراء ودراسة عناصر الأمن والاستقرار والتأثيرات المحتملة قبل اتخاذ أي قرار بتبني نظام كونفدرالي.