تشمل المخاطر المحتملة في العمليات الحيوية في هندسة العمليات الحيوية:
1- المخاطر الصحية: تشمل الإصابة بالأمراض المنتشرة، الحساسية، التسمم الغذائي، إصابات الجلد، وغيرها.
2- المخاطر الأمنية: يشمل ذلك الإخفاق في الحفاظ على السرية الصناعية والملكية الفكرية، وقد يتعرض بعض الأشخاص للتزييف في النتائج.
3- المخاطر البيئية: يمكن أن تنتج العمليات الحيوية عن تسرب النفط والكيماويات والمواد الملوثة الأخرى في البيئة، وتؤثر على الحياة البرية والمجتمعات المحلية.
4- المخاطر التشغيلية: يشمل ذلك الأخطاء البشرية، تعطل معدات العمل، والإنتاج غير الملائم.
5- المخاطر المالية: يتعلق هذا النوع من المخاطر بتكلفة العمليات الحيوية، وتكاليف المواد الأولية، والتكاليف العامة للإنتاج.