يشمل التهديد الأمني للتجارة الحرة عدة عوامل ومخاطر محتملة، من بينها:
1- التهديدات الإرهابية: حيث يمكن للمجموعات الإرهابية استخدام التجارة الحرة لنقل السلع المحظورة أو أدوات الدمار الشامل أو تمويل أنشطتها.
2- تهديدات السلع المزورة: حيث يمكن للمتسللين تسريب المنتجات المزيفة إلى السوق عبر سلسلة الإمداد، والتي تمثل خطرًا على الصحة والأمان والاقتصاد.
3- التهديدات الإجرامية: حيث يمكن للمتسللين استخدام التجارة الحرة لنقل المواد المخدرة أو الأسلحة غير المشروعة أو تهريب البشر.
4- التهديدات الدينية: حيث يمكن للمتطرفين استخدام التجارة الحرة لنقل الأموال أو تمويل أنشطتهم خلال الحدود دون رصدها.
5- التهديدات الصحية: حيث يمكن للأمراض العابرة للحدود أن تنتشر بسهولة من خلال التجارة الحرة للحيوانات أو النباتات أو المنتجات الغذائية.